東京大学
理化学研究所

発表概要

東京大学大学院新領域創成科学研究科のジア シャンルー大学院生、理化学研究所生命医科学研究センターのアロック シャルマ専任研究員、東京大学大学院理学系研究科のアルテム ルイセンコ助教、角田達彦教授らによる研究グループは、シングルセルRNA-seq（scRNA-seq）のデータからもとの細胞種を同定する、深層学習を用いた新しい手法scDeepInsightを提案しました。細胞種を同定することは、scRNA-seqデータの解析によって細胞集団の不均一性を研究するための鍵となります。この手法では、scRNA-seqの非画像のデータを、私たちが独自に提案してきたDeepInsight法を使って画像に変換することにより、画像分類や特徴抽出能力が高い畳み込みニューラルネットワーク（CNN）を活用することができます。その結果、scDeepInsightは他の最先端の手法に比べてはるかに高い精度で細胞種を同定することができました。本提案手法により、将来的に、scRNA-seqデータを用いた生体内や疾患における細胞制御のメカニズムの解明に関わる研究に広く貢献することが期待できます。

提案手法scDeepInsightの概要図

詳細は、理学系研究科ウェブサイトをご覧ください。
https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2023/8547/